Dies sind die 9 Schulen (Ryuha), deren Lehren, Traditionen und Kampftechniken unter dem Dach des Bujinkan bewahrt und weitergegeben werden. Die ersten 3 Ryuha sind Schulen der Ninja, die anderen sechs Schulen der Samurai. Aufgrund der Ninja-Traditionen wird das Bujinkan Budo auch als Ninjutsu bezeichnet.